La Moskitia mantiene un diverso y rico conjunto de vida neotropical, entre los que se destacan muchos mamíferos y aves, especies en peligro de extinción o reducidas en otras partes de América Central. Especies indicadoras importantes como el águila harpía (Harpia harpyja), el jaguar (Panthera onca) y la jaguia (Tayassu pecari) demuestran que esta área es todavía muy rica en biodiversidad y en algunas partes de la misma se mantiene intacta la fauna y flora.
La franja costera de la Moskitia contiene un laberinto de lagunas, canales y desembocaduras con grandes extensiones de playas arenosas, pantanos y áreas de manglar. Hacia el interior el terreno es más accidentado y la orografía está dominada por colinas y, eventualmente, montañas. Las tierras montañosas con cerros y topografía rocosa cubren los nacimientos e interfluvios de los ríos.
En el área marina, Honduras es parte del segundo arrecife de coral más grande del mundo, el arrecife Mesoamericano, hábitat de una gran cantidad de especies marinas, por lo que su conservación es vital para el mundo.
Las tortugas marinas han encontrado en la costa caribe de Nicaragua un sitio idóneo para su desove, arribando anualmente tortugas de las especies Cabezona (Caretta caretta), Carey (Eretmochelys imbricata), Verde (Chelonya Midas) y Baula (Dermochelys coriacea). Las playas de anidación en los Cayos Perlas son especialmente importantes para la supervivencia a largo plazo de la Tortuga Carey (Eretmochelys imbricatta), con una tasa de anidación promedio de unos 700 nidos al año convirtiendo este lugar en uno de los sitios de anidación para esta especie más importantes de todo el Caribe.